医療情報基盤センター（Center for Medical Informatics Intelligence : CMII）は、NCGMを構成するセンター病院、国府台病院、研究所、附属看護大学校のすべての組織の情報関連業務を統括する組織です。

NCGMにおける本格的な医療の情報化は、1994年のセンター病院へのオーダエントリシステムの導入に始まりました。Windows3.1が日本で発売された翌年にあたり、GoogleはもちろんYahooも存在しない時代に生まれたシステムは、世の中の情報化の歩みと共に、幾度かの更新を重ね、機能を強化してきました。

現在のセンター病院のシステムは、2017年1月にカットオーバーした電子カルテシステムで、45の部門サブシステムと連携し、病院内外のあらゆる医療情報を蓄積しています。

電子化され蓄積された医療情報を最大限に活用し、NCGMのミッションの遂行を支援するために、大学病院以外の医療機関では初めてとなるSINETとの10Gps接続、セキュリティを強化したクラウドシステムの積極的な活用、高度なプライバシー管理機能、ゲノム情報と診療情報の統合などを進めています。ここで扱われる情報は、NCGMだけでなく、日本の医療全体の貴重な公共的資産となると考えています。

NCGM戸山地区の北のはずれに、廊下ではつながっていない、5階建ての独立した建物があります。ここは、20年近く前の矢崎総長の時代に、全国の国立病院の電子カルテ情報を一元的に集積する大規模医療データベース、今でいう、医療ビッグデータセンターとするために、附属看護学校だった建物を大改装し、情報センター棟と命名された建物です。もし実現していれば、日本の医療・医学研究は大きく飛躍していたに違いなく、そのデータを使って、医療AI先進国になっていたかもしれません。残念ながら様々な事情で、その計画は立ち消えてしまいました。その後も桐野総長時代にもデータセンターの計画がありましたが、これも幾重もの壁を前にして実現することはありませんでした。

NCGMでは、今、診療録直結型全国糖尿病データベース事業（J-DREAMS）という糖尿病レジストリ事業を進めています。従来のカルテから手作業で転記する症例登録とは違い、糖尿病の患者を診察して記録した電子カルテから、直接患者情報を自動的に収集する仕組みです。また、肥満症データベースであるJ-ORBITや、感染症対策連携共通プラットフォームJ-SIPHEにも協力しています。さらに、医療材料の生産から消費までのトレーサビリティを確保する日本で初めてのデータベースである、医療機器トレーサビリティデータバンクの運用や、6NCの電子カルテデータの共有化を目指した、JASPEHR（JapaneseStandard Platform for EHRs）プロジェクトも進めています。医療AIや医療IoTなど、医療ITの華やかな面が耳目を集める昨今ですが、その基礎となる、先人たちの目指した医療ビッグデータベースを、一歩一歩ではありますが、実現しつつあります。

NCGM医療情報基盤センターは、医療と研究のシナジー効果を追求する高度専門医療研究センターの「医療の実践－医療の研究」を太く繋ぐ情報基盤の構築・開発・運用を今後も進めてまいります。